(一) 每家申請單位或公司資格審查費新台幣1,000元（含稅），員額核配審查費新台幣5,000元（含稅）。資格審查費經繳件審查後一律不退費。未通過資格審查之申請單位或公司，其員額核配審查費用將以匯款方式，無息退還。
(二) 另進用研發替代役役男之用人單位在役男分發用人單位至服滿替代役體位役期間（第二階段），依主管機關所定基準須按月繳納研究發展費，詳細規範請參考研發替代役研究發展費及產業訓儲替代役產業訓儲費繳納標準第2條第2項。

(一) 研發替代役制度係以尚未履行兵役義務經徵兵檢查為常備役體位或替代役體位(83年次(含)以後出生之替代役體位役男，不得申請服研發替代役)，並具備國內或符合教育部採認規定之國外大學校院碩士以上學歷之役齡男子，列為研發替代役甄選對象，於民間產業及非民間產業（政府機關、公立研究機（關）構、大學校院、行政法人、財團法人研究機構）從事科技或產業研究發展工作，作為持續推動以兵役制度延攬產業科技人才之策略。
(二) 研發替代役制度適用產業範圍包含22大類，請參閱當年度公告之「研發替代役制度員額申請暨審查作業實施計畫」，得依規定提出員額申請作業，不論何種產業申請方式皆相同。申請單位申請研發替代役需求員額，應於內政部公告期限內至研發替代役資訊管理系統進行線上報名，經登錄規定資料，併同其他規定文件向內政部提出申請。
※詳細作業時程，請參閱當年度公告之「研發替代役員額申請暨審查作業實施計畫」。（檔案下載路徑：請點選本網站首頁/用人單位員額申請暨審查，於該顯示區中點選「員額申請暨審查作業實施計畫」檔案並下載。）

申請研發替代役員額之審查作業程序如下：
(1)資格審查：完成員額申請繳件作業之申請單位，由作業單位依據審查要項進行查核作業，資格審查通過者，進行「資料查驗」作業。
(2)資料查驗：通過資格審查之申請單位，進行各項資料、數據與附件證明文件內容是否一致性查驗作業，資料查驗結果經內政部完成複查，審查結果以網路公告及通知。資料查驗通過者，進行下一階段審查及核配作業。
(3)研發營運計畫審查：通過資料查驗之申請單位，由審查小組依據研發營運計畫審查要項，進行審查作業，並經內政部完成複查。研發營運計畫審查未達合格標準者無核配員額資格並不得參與後續員額核配作業。
(4)研發替代役員額核配作業
研發替代役員額核配數係以申請單位國內研發總人數(含在職研發替代役役男)之1/2＊核配率計算得之，員額核配數不得超過該單位員額申請數。核配率則由基本員額、政策支持度及制度貢獻度等3項分數加總轉換為百分比得之。 ※詳細作業規範，請參閱當年度公告之「 研發替代役員額申請暨審查作業實施計畫」。
（檔案下載路徑：請點選本網站首頁/用人單位員額申請暨審查，於該顯示區中點選「員額申請暨審查作業實施計畫」檔案並下載。）

申請員額數上限為申請單位國內研發總人數(含在職研發替代役役男)之1/2 ，再扣除申請單位在職研發替代役役男人數，即為申請單位當年度申請員額數上限。(結算時間為當年度7月31日止，請用人單位自行留存當年度相關事證，如：勞保名冊、研發人力名冊…等，供主管機關日後通知時提出並查核。)若申請單位之在職研發替代役役男至申請年度預估累計總額超過該單位國內研發總人數之1/2者，則研發替代役資訊管理系統將予以限制且無法送出其員額申請。
※詳細研發人力比例限制規定，以當年度公告之「研發替代役員額申請暨審查作業實施計畫」資料為準。（檔案下載路徑：請點選本網站首頁/用人單位員額申請暨審查，於該顯示區中點選「員額申請暨審查作業實施計畫」檔案並下載。）

(1)申請單位若為外國在臺設立之分公司並於本國領有依法設立證明者，若有申請研發替代役員額需求者，可依當年度公告之「研發替代役員額申請暨審查作業實施計畫」規定，申請研發替代役員額，其申請及審查程序與國內廠商相同。
(2)因每年度申請及核配員額之用人單位不盡相同，建議役男可於年度開辦役男參與制度意願登錄作業、役男報名甄選作業時，依役男申請所得之個人帳號及密碼，於資訊管理系統查詢相關公告資料。（※系統功能路徑：以學生帳號／密碼登入資訊管理系統後，請點選【甄選作業】→【用人單位檢索】查詢當年度核配員額之用人單位基本資料及細部職缺資料等，可由公司名稱等相關資料判定其是否為外商公司。）

企業管理需具備之功能策略需涵蓋「生產、行銷、人力資源、研發、財務」5個層面，各層面間乃互相合作支援之關係，因此，研發組織並不狹隘地僅指研發性質的工作部門，舉凡在不同層面共同為同一產品或技術進行創新研發工作者，或是專注於某一層面為不同產品或技術進行創新研發工作者，皆可納入研發營運計畫研發組織之範疇。而產業營運計畫書中則可強化於企業如何透過系列的培訓和鍛鍊，使技術儲備人才最終可成為企業之基層、中層或高層管理人員。
※詳細資料可參考當年度公告之「研發營運計畫書撰寫範例」。（檔案下載路徑：請點選本網站首頁/用人單位員額申請暨審查，於該顯示區中點選「研發營運計畫書撰寫範例」檔案並下載。）

(1)配合政府相關部會執行海外人才延攬作業，洽談成功或單位自行延攬之海外尚未履行兵役義務役男服研發替代役者，其員額以1:1方式外加於該用人單位年度核配員額數，可延攬回國之海外人才數相當於該用人單位年度核配員額數。
(2)海外員額數與年度核配員額數（國內員額）視為各自獨立項目，不可合併列計。
(3)鼓勵用人單位能充分運用年度核配之員額數，役男甄選錄用狀況，主管機關（內政部）將列入翌年員額申請之制度度貢獻度加分項目。

●延攬海外役男方式：
主管機關（內政部）將在行政院海外科技人才延攬作業的架構下，擴大延攬海外未服役役男選服研發替代役：
(1)結合行政院海外攬才計畫，納入研發替代役延攬宣導。
(2)透過「延攬海外科技人才網站」與國內外攬才相關網站聯合宣導，協助企業延攬全球優秀人才。
(3)運用「全球專業人士求職求才資訊網」，納入研發替代役人才延攬選服研發替代役宣導，全面召攬海外人才。
(4)於年度「研發替代役役男報名及用人單位甄選作業實施計畫」中，降低小留學生選服研發替代役之限制，排除海外人才進用障礙。
(5)規劃長時段與便利性措施，鼓勵用人單位運用產業資源、海外據點等多元管道，延攬海外役男回國選服研發替代役。