依據替代役實施條例第8條之規定，第1、2階段研發替代役或產業訓儲替代役役男之薪俸、地域加給及主、副食費，比照國軍義務役軍官士兵標準發給，故薪俸、地域加給、主副食費部分應依此規定發給。至於役男各項福利、激勵措施，除依替代役實施條例所規範之法定項目，如出差費、加班費(役男若有加班情形依實際狀況給予加班費，但不得低於勞動基準法之最低標準)，或勞動基準法、勞工退休金條例等相關法規規定必須辦理的項目外，用人單位另可依市場機制及單位人事政策、預算情況，考量提供役男各項福利、激勵措施，其給付標準由用人單位自訂，並訂於服務契約。

研發或產業訓儲替代役第2階段不適用勞動基準法規定，除替代役實施條例另有規定者外，與一般替代役相同，適用替代役實施條例之相關規定，本階段已給予薪俸、主副食費、住宿及交通津貼，用人單位可制定激勵措施機制，對於表現優異之研發或產業訓儲替代役役男給予獎勵。
研發或產業訓儲替代役役男若有加班情形，則依實際狀況給予加班費，且不得低於勞動基準法之最低標準。

1. 100年1月19日修正所得稅法第4條第1項第1款規定，刪除現役軍人之薪餉免納所得稅，並自101年1月1日施行。
2. 經函財政部101年7月10日台財稅字第10100569450號釋覆：『替代役役男支領各項給與徵免所得稅一覽表』。
按前項附表略以：替代役役男薪額、專業加給、地域加給、年終獎金（管理加給除外）及第1、2階段研發替代役役男交通津貼，均需按所得稅法規定課稅；替代役役男管理加給、主副食費、年終獎金中管理加給部分及第1、2階段研發替代役役男住宿津貼，依所得稅法規定免納所得稅。另役男繳回過去年度溢領之所得部分，役男繳回非當年度所得，不宜自當年度所得減除，應更正其實際領取年度所得額。

第3階段研發或產業訓儲替代役役男與用人單位具僱傭關係，其薪資依勞雇雙方契約約定，與一般替代役役男及第1階段、第2階段役男自政府領取法定薪餉，尚屬有別，故第3階段役男自用人單位領取之薪資，用人單位於給付時，應依規定辦理扣繳。

主管機關（內政部）依據替代役實施條例第41條規定，替代役役男之保險，業務劃分如下：
1. 全民健康保險：由中央健康保險署依全民健康保險法規定辦理。
2. 替代役役男一般保險：由主管機關辦理。
3. 團體意外保險：由主管機關（內政部）每年對外公開招標辦理；其保險內容及相關規定，由主管機關（內政部）定之。

役男於第1、2階段服役期間，赴全民健保特約醫事服務機構就醫之醫療費用補助項目如下:
1. 健保給付項目：依全民健康保險法規規定，應自行負擔之醫療費用（即部分負擔），由內政部全額支付，但役男就醫應出示健保卡及役男身分證以茲辨識。
2. 健保不給付項目：屬因公傷病就醫掛號費(自105年4月21日生效)及全民健康保險法醫療保險不給付範圍中，經內政部認定該傷病與服役勤務相關或具積極治療之必要者，該醫療項目之醫療技術費、醫師診察費、手術費；其補助額度如下：
（1）醫療技術費：按收據金額補助。但最高補助金額以新臺幣4,000元為限。
（2）醫師診察費：按收據金額補助。但最高補助金額以新臺幣1,000元為限。
（3）手術費：按收據金額補助。但最高補助金額以新臺幣20,000元為限。惟若於全民健康保險法醫療保險給付範圍內已有替代給付治療方式者，最高補助金額以新臺幣10,000元為限。
（4）無保險病房時之上一等級病房費差額：補助日數以2日為限，每日最高補助金額以新臺幣800元為限。但役男因公傷病或經核列生活扶助甲級，經權責單位出具因公傷病證明書（應由權責單位比照替代役役男撫卹實施辦法第3條第1項第1款至第4款規定所列情形認定並出具）或列級資料者，其傷病住院期間無保險病房時之上一等級病房費差額不受前開補助日數限制，惟於有保險病房空床時，應立即辦理轉房，未辦理轉房者，該段住院期間不予補助。
（5）因公傷病就醫掛號費，需符合替代役役男撫卹實施辦法第3條第1項第1款至第4款情形而致之傷病。
（6）除燒傷外因公傷病復健治療相關費用：經主治醫師認定必要並於診斷證明書載明之自費醫療項目，按收據金額補助，但最高補助金額以新臺幣1萬元為限。
（7）屬燒傷之因公傷病：經主治醫師認定必要並於診斷證明書載明之自費醫療項目，且符合替代役役男身心障礙等級區分，其復健治療相關費用按收據金額補助，累計最高補助金額如下：
  甲、一等：新臺幣80萬元。乙、二等：新臺幣60萬元。丙、三等：新臺幣40萬元。丁、重度機能障礙：新臺幣20萬元。戊、輕度機能障礙：新臺幣10萬元。

役男傷病於國軍醫療院所就醫時之補助項目：(由國軍醫療院所，按月向內政部申請撥付。)
  1. 依全民健康保險法規規定，應自行負擔之醫療費用。
  2. 掛號費。
  3. 2份診斷證明書費用（不含兵役、訴訟用診斷證明書）。
  4. 病房費：依各國軍醫療院所就醫收費( 優免) 基準表，軍職上士階級優免病房與無優免病房費之差額。
  5. 全民健康保險法醫療保險不給付範圍中，經主治醫師認定必須進行醫療或繼續治療至痊癒之衛材費用及醫療費用( 不含伙食費) ，並應於病歷載明須使用自費醫療項目之原因及必要性。

3. 相關法規請參考「替代役役男保險實施辦法第12條」、「替代役役男就醫醫療費用補助作業規定」，並請至研發替代役資訊管理系統網站下載作業表格。（※檔案下載路徑：請點選本網站首頁/管理考核/保險費用相關資料，於該顯示區中點選「替代役役男就醫醫療補助作業規定附件」連結並下載。查詢內政部相關業務承辦人連絡一覽表，請點選本網站首頁/業務資訊/諮詢服務，於該顯示區中點選諮詢服務窗口資訊檔案並下載。）

1. 役男於第1、2階段之全民健康保險保費由主管機關（內政部）全額負擔繳納，役男於第2階段期滿當月主管機關（內政部）將統一辦理健保轉出，無個別開立健保轉出表，且不再繳付健保費，請用人單位依役男第2階段服役期程（請參考役男身分證所載醫療費用補助期限或至資訊管理系統查詢）辦理健保轉入並接續繳納健保費，以保障役男第3階段服役之健保就醫權益。（※系統功能路徑：以用人單位帳號／密碼登入資訊管理系統後，請點選【役男管理】→【資料查詢】役男資料查詢。）
2. 資訊管理系統將於役男第2階段最後一個月之研究發展費或產業訓儲費繳費通知單中費用計算摘要及「研究發展費及產業訓儲費繳費作業－費用單據明細」之備註欄位中加註提醒字樣，用人單位應辦理將屆滿第2階段役男之投保事宜。由於第3階段起役男與用人單位間具備僱傭關係，有關勞動條件及保險事項，依據勞動基準法、勞工退休金條例、勞工保險條例及全民健康保險法等相關規定由用人單位負責辦理各項保險事宜，其所需費用由用人單位負擔。

1. 依據替代役實施條例第10條第1項第1款及第2款規定，經診斷確定罹患足以危害團體健康及安全之疾病者或傷病經鑑定不堪服役者，停服替代役，稱為停役。（※檔案下載路徑：請點選本網站首頁/業務資訊/法令規章，於該顯示區中點選「替代役役男傷病停役檢定標準」檔案並下載。）
2. 替代役役男於服役期間經診斷確定符合「替代役役男傷病停役檢定標準」或領有身心障礙證明或重大傷病證明，符合身心障礙或重大傷病與體位區分標準免役體位判等對照表規定者，依替代役役男傷病停役檢定標準第3、4條規定略以；替代役役男傷病停役案件，由用人單位(服勤單位)填具替代役役男傷病停役調查審核表及役籍管理名冊，並檢具衛生福利部評鑑合格醫院診斷證明書(身心障礙證明或重大傷病證明)、役籍表及體複檢資料，函送主管機關核定（內政部替代役訓練及管理中心，地址：540217南投縣南投市中興新村省府路2號)。主管機關受理替代役役男傷病停役案件後，合於規定，送指定複檢醫院複檢，複檢醫院應依標準表簽註複檢結果，開具兵役用診斷證明書送主管機關。合於停役情事者，由主管機關核定停役；不符合規定者，仍應續服現役。（※系統功能路徑：以用人單位帳號／密碼登入資訊管理系統後，請點選【役男管理】→【停役申請】功能。）（仍應依規定函送主管機關核定。）
3. 另經主管機關核定傷病停役者，依替代役實施條例第11條及停役替代役役男免予回役作業規定，停役替代役役男於停役原因消滅後，符合替代役實施條例第10條第1項第1款或第2款規定停役者，免予回役。
註：研發及產業訓儲替代役制度有「回役」機制，係指役男有符合替代役實施條例第10條規定之停役情形者，停服研發或產業訓儲替代役，停役期間不算入研發或產業訓儲替代役役期。役男於停役原因消滅後應予回役（回原服勤單位繼續服勤，補足其應服之役期）並得由主管機關指定其類（役）別及服勤單位或用人單位。（※「回役」非指改服常備兵役）
4. 研發或產業訓儲替代役役男於第1、2階段經核定停役、轉服一般替代役或免役生效，應將自核定生效日起所溢領之薪給繳回。繳回的作業方式如下：
(1) 以匯票方式繳回：請至郵局填寫郵局匯票申請書（受款人：內政部），將匯票交由用人單位，請用人單位以公文函送內政部。
(2) 以匯款方式繳回：本項作業方式需親臨郵局或銀行窗口辦理，銀行代碼：0000022、銀行名稱：中央銀行國庫局、帳號：2408550212-8001、戶名：內政部。

1. 徵兵規則第14條第1、2項規定：「役男經徵兵檢查後，於徵集入營前，對判定之體位認有疑義，或有新發生之傷病者，應檢具醫療機構出具達改判體位標準之診斷證明書，依下列方式之一，向戶籍地鄉（鎮、市、區）公所申請複檢，由公所轉報直轄市、縣（市）政府審核；不准予複檢者，應敘明理由並通知役男：一、公費複檢：填具申請書，經審核准予複檢者，即洽送指定之複檢醫院複檢，並由徵兵檢查會依複檢結果判定體位。二、自費複檢：填具申請書，經審核准予複檢者，由役男至選定之複檢醫院複檢；並由複檢醫院將兵役用診斷證明書逕送直轄市、縣（市）徵兵檢查會，依複檢結果判定體位。」、「依前項規定判定結果與原判定體位相同者，不得再以同一原因申請複檢。」準此，役男入營前對於判定體位認為有疑義者，得依徵兵規則第14條規定，申請複檢改判體位。
2. 至於體位判定者，徵集入營30天內，得依徵兵規則第32條第2項規定：「入營部隊對已收訓役男，經鑑定不合常備役體位者，應於報到三十日內辦理驗退或停止訓練。」及替代役實施條例施行細則第6條第2項規定：「一般替代役役男之徵集作業事項，準用徵兵規則之規定辦理。」申請驗退複檢。徵集入營逾30日後，僅能依前揭規定提出傷病停役申請。爰此，入營後並無體位改判之問題。

1. 第1、2階段薪俸由內政部研發及產業訓儲替代役基金給付，除第1階段及初入第2階段之薪俸外，餘皆於每月5日前發放當月薪俸，並以匯款方式匯入役男之郵局帳戶。
2. 第3階段之薪資依照用人單位與役男雙方協議之薪資，由用人單位直接給付予役男，給付方式及時間依據各用人單位規定辦理。

請役男以個人帳號及密碼登錄資訊管理系統查詢。
（※系統功能路徑：以役男帳號／密碼登入資訊管理系統後，請點選【基金管理】→【役男薪資發放管理】→【役男薪資明細查詢】功能。）

役男第1階段及第2階段其始月或末月不足一月時，
以當月實際服役日數所占當月日數比例核算薪俸。
註：薪俸＝薪俸標準 ×（當月實際服役日數／當月總日數）（計算後小數點第1位四捨五入），主副食費、住宿津貼、交通津貼算法亦同。

1. 年終工作獎金發放對象：
(1)發放日前一年度12月1日（含）以後在營之役男；若役男於發放日前一年度12月1日停役生效（服役至11/30），則不發予該役男年終工作獎金。
(2)若役男前一年度12月2日以後停役生效，且當月適逢第2階段服役期滿，則併於年度之年終工作獎金發放。
2. 年終工作獎金發放月數計算方式：
(1)年終工作獎金發放月數以當年度實際服役起迄月數計算（含役男第1、2階段服役期間）。
(2)若僅服役起月或迄月不足一個月（破月），則以1個月計算。
(3)若服役起迄月均不足一個月（破月）：
A若起迄月實際服役日加總日數大於30日，則以2個月計算。
B若起迄月實際服役日加總日數小於或等於30日，則以1個月計算。
3. 年終工作獎金發放時機：
(1)當年度12月1日（含）以後在營之役男：於次年農曆過年前10日發放（比照行政院公布當年度軍公教人員年終工作獎金發給注意事項指定之時間發放）。
(2)當年度第2階段服役期滿之役男：於第2階段服役期滿當月15日發放年終工作獎金。

依據財政部中區國稅局南投分局104年12月23日中區國稅南投綜所字第1040204942號函示，上述慰勞金徵免所得稅情形如下:
一、死亡慰勞金部分:因公死亡慰勞金，依所得稅法第4條第1項第4款前段規定，免納所得稅；因病或意外死亡慰勞金，依同法第4條第1項第4後段款及第14條第3項規定課徵所得稅。
二、傷病慰勞金部分:因公傷病慰勞金，依所得稅法第4條第1項第17款前段規定，免納所得稅；因病或意外傷病慰勞金，依同法第14條第1項第3類薪資所得規定課稅。
三、替代役役男家庭遭遇特別災害部分:依實際受災情形發給之慰勞金，具急難救助及損失補償性質，尚無所得發生，不課徵綜合所得稅。

依據就業保險法第11條第2項規定略以，被保險人因定期契約屆滿離職，逾1個月未能就業，且離職前1年內，契約期間合計滿 6個月以上者，視為非自願離職，並準用失業給付之規定。研發替代役男依法於用人單位服務期間之勞動契約符合勞動基準法第9條及施行細則第6條所稱之「特定性工作」。因此，研發替代役役男既已參加就業保險為被保險人，如因與用人單位所訂之契約屆滿而離職，符合前開規定者，得依就業保險法相關規定申請失業給付。（參照行政院勞工委員會100年7月28日勞資2字第1000080306號函，請至勞動部網站下載參閱：https://laws.mol.gov.tw/FLAW/FLAWDOC03.aspx?datatype=etype&keyword=%E7%A0%94%E7%99%BC%E6%9B%BF%E4%BB%A3%E5%BD%B9&cnt=1&now=1&lnabndn=1&recordno=1）