1.依替代役實施條例第5條之3規定，經甄選錄取服研發替代役之役男於接受基礎訓練及專業訓練前，應與用人單位簽訂書面契約，其契約內容應包括第二階段及第三階段之權利義務事項。前項書面契約，用人單位應於簽訂後10日內，送主管機關（內政部）備查。
2.雙方簽訂書面契約時間為役男錄取公告後至入營接受基礎訓練及專業訓練前。用人單位請逕至研發替代役資訊管理系統下載列印已通過主管機關（內政部）登錄備查通過之服務契約內容進行簽約作業。簽約後用人單位得選擇一次函送或分梯次函送書面契約備查，惟不得超過主管機關（內政部）公告各梯次最後截止期限。

1.用人單位對於役男，應預防職業上災害，建立適當之工作環境及提供必要之福利設施。
2.有關用人單位對役男所提供之福利措施，用人單位得於服勤管理規定、服務契約或用人單位具體公告事項中說明，已報名當年度研發替代役之役男請至研發替代役資訊管理系統登錄後查詢。（※系統功能路徑：以學生帳號／密碼登入資訊管理系統後，請點選【甄選作業】→【用人單位檢索】。）

1.依替代役實施條例第7條第6項規定，研發替代役或產業訓儲替代役役男服滿規定之役期者，依替代役體位應服役期採計為服役年資；其餘期間，採計為用人單位工作年資，故役男第一、二階段服役年資，於未來依法任公職時，可併計為公務員退休年資；第3階段服役年資，依法係採計為用人單位工作年資。
2.依替代役實施條例第6條之1第3項規定，第三階段研發替代役或產業訓儲替代役役男與用人單位間具僱傭關係，有關勞動條件及保險事項，依勞動基準法、勞工退休金條例及勞工保險條例規定辦理，故第三階段役男之工作年資，應依上開有關法令規定辦理。

依替代役實施條例第5條之3規定，經甄選錄取服研發替代役或產業訓儲替代役之役男於接受基礎訓練及專業訓練前，應與用人單位簽訂書面契約，其契約內容應包括第二階段及第三階段之權利義務事項。另依據主管機關（內政部）規劃「年度研發替代役員額申請暨審查作業實施計畫」之核配員額公告及用人單位應配合事項附件「服務契約」參考格式，用人單位於上開文件中，得視其業務需要於服務契約中規定保密義務而與役男協定之。

1.役男於用人單位服役期間，有下列情形之一者，請逕至資訊管理系統下載表單並進行通報作業。用人單位未依規定辦理通報時，依「研發替代役管理考核暨獎懲作業實施計畫」規定論處。
(1) 研發或產業訓儲替代役役男發生重大事故或無故擅離職役累計逾7日者，用人單位應妥為處理，並於24小時內通報主管機關。（研發及產業訓儲替代役甄選訓練服役實施辦法第16條）
(2) 研發或產業訓儲替代役役男無故離去職役達3日者，用人單位應即發出離役通知，並請警察機關協尋。（研發及產業訓儲替代役甄選訓練服役實施辦法第16條）
(3) 替代役役男出境逾返國規定期限，累計逾7日者，依本條例第52條規定辦理。（替代役役男出境管理辦法第10條）
(4) 替代役役男出境逾返國規定期限，服勤單位或用人單位應即通報主管機關。（替代役役男出境管理辦法第11條）
※檔案下載路徑：請點選本網站首頁/管理考核，於該顯示區中點選「役男事故通報表」檔案並下載。
2.研發或產業訓儲替代役役男因故未能完成基礎訓練及專業訓練，或擅離職役累計逾7日者，由主管機關廢止其研發或產業訓儲替代役資格，並指定改服一般替代役，通知其戶籍所在地之直轄市、縣（市）政府予以徵集，補足應服役期。主管機關亦將通知其用人單位。（研發及產業訓儲替代役甄選訓練服役實施辦法第10條）

1.身分與權利義務關係：
按立法院替代役實施條例修正案審查會之條文修正理由說明，研發替代役及產業訓儲替代役役男服役期間，均屬依法履行兵役義務，具役男身分，故無論在何階段，與國家皆屬公法關係，另役男第三階段服役期間，因考量市場運作機制與衡平其權利義務關係，爰採認其與用人單位間具有僱傭關係，且不論用人單位係屬公、私部門或有無勞動基準法之適用，有關該階段役男之勞動條件，如薪資、職業災害補償、工作年資、退休金之提繳、契約生效與解除之條件及其他與用人單位間有關權利義務等事項，用人單位均應依勞動基準法及勞工退休金條例規定辦理，並負擔該所需費用。
2.救濟爭訟途徑：
依事件性質，若為單位轉調、身分變更或廢止資格等相關事項，則處分主體仍為主管機關（內政部），依訴願及行政訴訟相關程序進行；若為勞資糾紛，則處分主體為勞工主管部門，依勞動基準法相關規定程序進行。

1.有關役男第二階段服役期間之住宿問題，依替代役實施條例第60條之1第1項第1款規定，係由主管機關（內政部）於研發及產業訓儲替代役基金中支給住宿津貼，除此之外，並未另作其他規範，故有關此階段役男之實質住宿問題，須由役男自行處理。
2.役男第二階段服役期間已至用人單位報到服務，用人單位可否提供役男住宿場所或提供住宿並計價收費等事項，概由用人單位與役男協調處理，主管機關（內政部）不予干涉。
3.役男第三階段服役期間之住宿問題，因其該服役階段與用人單位間有勞動條件及勞資關係等，適用勞動基準法，屬一般私法上僱傭契約關係，且主管機關（內政部）依法不需再支給役男住宿津貼，故役男住宿問題，亦由役男自行處理，用人單位之立場，則同上。